L’université est composée de 5 facultés et 2 instituts qui ont su établir des liens de coopération à travers le monde.
L’enseignement des DUT couvre 6 spécialités. Après un DUT, l’étudiant peut poursuivre ses études, à l’IUT-T, au niveau de la licence.
La faculté est traditionnellement composée de plusieurs filières : Droit, Économie et Gestion. La filière «Bachelor in Business and Administration» (BBA), récemment créée pour offrir une formation pointue et orientée vers la finance et bilinguisme (anglais-français).
La faculté d’Ingénieurs de l’Université de Djibouti vise à offrir une formation répondant aux besoins réels d’ingénierie, identifiés dans les secteurs socio-économiques porteurs, tels que le génie énergetique et le génie civil.
L’IUT-I propose une formation professionnelle industrielle diversifiée, adaptée aux besoins et aux demandes du monde socio-professionnel. Tout en répondant aux orientations et aspirations de chacun. Avec son équipe et son équipement didactiques de pointe, l’IUT-I accueille les étudiants dans les meilleures conditions, pour qu’ils puissent donner le meilleur d’eux-mêmes.
La faculté des Sciences propose des parcours académiques diversifiés et intégrés dans le dispositifs LMD (Licence, Master, Doctorat).
La Faculté de Médecine de Djibouti forme des étudiants au métier de médecin, puis les accompagne tout au long de leur parcours professionnel.
Les offres de formations sont conformes au cadre LMD « Licence, Master, Doctorat» : avec l’adoption du système de crédits européens (ECTS), elles fonctionnent sur la base de la semestrialisation et privilégie la transversalité et la mobilité.